Entre 1936 y 1942 los presos que morían en San Cristobal se enterraban en alguno de los 12 pueblos de la Cendea de Ansoaín.
En la primavera del año 1942, se crea el cementerio de las botellas.
En esta época, el fuerte se había convertido también en hospital y la mayoría de los presos moría de tuberculosis. Los últimos 131 presos que murieron fueron enterrados en el cementerio de las botellas.
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